Zellatmung
Die Zellatmung läuft in vier Schritten ab. Dabei wird Glukose zu ATP umgeformt. Der erste Schritt ist die Glykolyse. Danach kommt die oxidative Decarboxylierung darauf der Zitratzyklus und dann die Endoxidation.
Glykolyse
Die Glykolyse läuft im Cytoplasma ( Zellplasma) ab. Bei ihr wird Glukose in 7 Schritten zu Pyruvat umgesetzt. Dieses wird dann im Zitratzyklus weiter umgesetzt, um die Energie zur ATP- Bildung zu nutzen.
Die Glycolyse kann in zwei Abschnitte aufgteilt werden. Im ersten Schritt wird Energie aufgewendet, indem zwei ATP verbraucht werden. Im zweiten Schritt wird Energie freigesetzt, indem vier ATP und zwei NADH+H+ synthetisiert werden.
Oxidative Dekarboxilierung
Die oxidative Decarboxylierung findet in der Mitochondrienmatrix statt. Dafür diffundiert das Pyruvat entlang des Konzentrationsgefälles aus dem Zellplasma in das Mitochondrium.
In der Mitochondrienmatrix wird ein Kohlenstoffatom vom Pyruvat abgespalten, wobei die dabei freiwerdende Energie zur Reduzierung von einem NAD+ zu einem NADH+H+ genutzt wird. Die Wasserstoffatome stammen aus einem Wassermolekül , welches in seine Elemente gespalten wird. Das Kohlenstoffatom bildet mit dem mit dem Sauerstoffmolekül des Wassermoleküls ein CO2 und wird vom Körper über die Lunge ausgeschieden. Das aus dem Pyruvat entstandene Acetat verbindet sich mit dem Coenzym CoA wodurch Acetyl-CoA entsteht. Dieses wird danach im Zitratzyklus weiterverarbeitet.
Zitratzyklus
Der Zitratzyklus findet genau so wie die oxidative Decarboxylierung in der Mitochondrienmatrix statt.
Im ersten Schritt wird das energiereiche Acetyl-CoA mit einem Oxalacetat (C4) und einem Wassermolekül zu einem Citratmolekül (C6) umgebaut. dabei wird das CoA abgespalten.
Danach durchläuft das Citrat, von dem der Zitratzyklus seinen Namen hat einenabbauenden Prozess und danach einen regenerierenden Prozess, wonach zum Schluss wieder ein Oxalazetat entsteht, welches ein neues Acetyl-CoA aufnehmen kann. Alle anderen Cohlenstoffatome aus dem C6-Körper wurden zu CO2 umgewandelt. 
Atmungskette
Bei der Atmungskette werden die bei der Glycolyse, der oxidative Decarboxylierung und bei dem Citratzyklus synthetisierten Reduktionsäquivalente NADH+H+ und FADH2 oxidiert, so dass die dabei frei werdenden Wasserstoffatome mit Sauerstoff zu Wasser reagieren können. Die bei der Oxidation frei werdende Energie wird dabei für die Synthese von ATP genutzt.
Das NADH+H+ gibt seine Elektronen an das erste von vier Redoxsystemen, die in der inneren Mitochondrienmembran liegen, ab. Dieses wird so reduziert. Da die Redoxsysteme von eins bis vier ein immer niedrigeres Redoxpotential haben, werden die Elektronen immer an das nächste Redoxsystem weitergegeben, wobei immer das vordere Redoxsystem oxidiert und das Elektroaufnehmende Redoxsystem reduziert wird.
Durch die Oxidierung des ersten Redoxsystems wird Enerdie frei. Diese nutzt das Redoxsystem um ein Proton aus der Mitochondrienmatrix in den Intermembranraum zu pumpen.
Das zweite System nimmt die Elektronen vom FADH2 auf. Es leitet die Elektronen aber nur weiter. Das dritte Redoxsystem fungiert wieder als Protonenpumpe und pumpt ein weiteres Proton in den Intermembranraum.
Das vierte Redoxsystem gibt die Elektronen, die beim durchlaufen der Redoxsysteme immer mehr ihrer Energie abgegeben haben, an ein Sauerstoffatom ab. Dieses reagiert mit zwei Protonen aus der Mitochondrienmatrix zu Wasser. Die langsame Energieabgabe der Elektronen ist nötig, da die Elektronen wenn sie sofort an ein Sauerstoffatom abgegeben würden, so viel Energie auf einmal freisetzen würden, dass es zu einer Explosion kommen würde.
Dadurch, dass die Protonenpumpen Protonen in den Intermembranraum pumpen und aus der Mitochondrienmatrix zu Wasser wegreagieren, entsteht ein Konzentrationsgradient. Außerdem entsteht auch ein Ladungsgradient, da die Protonen positiv geladen sind. Der Intermembranraum ist also leicht positiv geladen und die Mitochondrienmatrix leicht negativ. Dadurch entsteht eine Protonenmotorische Kraft durch die die Protonen durch das Tunnelprotein ATP-Synthase aus dem Intermembranraum zurück in die Mitochondrienmatrix diffundieren. Dabei wird Energie frei, die zur Synthese von ATP genutzt wird. 
Enzymatische Regulation des Stoffwechsels
am Beispiel der Phosphofructokinase
Das Enzym Phosphofructokinase wirkt in der Glykolyse mit. Wenn die Konzentration von ATP eine bestimmte Höhe erreicht, hemmt sie die Phosphofructokinase indem sie an ihr allosterisches Zentrum bindet. Dadurch wird die umsetzung der Glucose langsamer und es wird nicht mehr so viel ATP synthetisiert.
Auch Citrat hemmt die Phosphofructokinase.
Wenn dagegen viel AMP oder ADP vorhanden ist, also die energieärmeren Vorstufen des ATP wird die Phosphofructokinase nicht gehemmt, sondern aktiviert.
Diesen Vorgang, wenn der Stoff, der Synthetisiert, je mehr er vorhanden ist, desto weniger gebildldet wird, nennt man negative Rückkopplung.
Bei einer positive Rückkopplung wird der Stoff je mehr er vorhanden ist desto mehr Gebildet und desto weniger er vorhanden ist, desto weniger wird er gebildet.